本覚坊は、もともと越前の国(福井県)の吉崎道場にあったことが同坊に伝来する絵図により確認できる。
天正3年(1575年)、織田信長の越前侵攻によって越後へ逃れてきたと伝えられている。
吉崎道場は、室町時代に蓮如がつくった真宗(当時は一向宗)の拠点。蓮如はここを足掛かりに布教活動を展開し、北陸地方の真宗隆盛の基礎を築いた。
本覚坊は、越後にきた直後から各地の講を世話して、石山本願寺へ金品を送っている。このように初めての地で講の世話をすることができたのは、本覚坊が吉崎道場の名門寺院として、その名が門徒(信者)の間に広く知れわたっていたことを物語っている。
同坊には、石山合戦に関する古文書など貴重な資料が所蔵されている。