こんやの谷内は、高田平野の東縁に位置し、過去の海進で山本山台地の一部が潟化した状態で残されたと考えられる、現在では数少ない手つかずの自然が残る水域です。
こんやの谷内の植生は、北方系寒冷地生植物であるミズバショウが100株以上生育しているほか、コバギボウシやトンボソウ、アケボノシュスラン、ゼンマイなどがみられます。また、谷内の周囲と水底にはカキツバタやノタヌキモ、ジュンサイの群落がみられるなど、よしだの谷内(市指定天然記念物)とともに市域では希少となった野生植物が多数、生育しています。
平成15年5月20日に旧三和村の文化財に、平成19年6月1日に上越市文化財に指定されています。